LiuMWei

刘明伟(1975.12~),男,理学博士,重庆市忠县人。副教授,副主任,硕士生导师,创新创业导师
Mingwei Liu (1975.12~), Male, Doctor of Science, Associate Professor, Master Adviser,Deputy Director & Innovation and Entrepreneurship Mentor

 

联系方式
Tel: +86-23-68485240; Fax: +86-23-68485239
E-mail: liumingwei (at) cqmu.edu.cn, lmingwei (at) gmail.com

 

联系地址:重庆医科大学检验医学院(重庆市渝中区医学院路1号)
科学研究:肿瘤生物信息与临床转化,即基于异源异构融合和语义知识技术,聚焦生物文献数据、组学数据和临床数据的多层面、多水平整合与挖掘,探寻肿瘤基因及其表达变化、分子网络、分子分型与临床表型等关系,探究肿瘤发生、发展分子机制(包括免疫作用与肠道微生物作用),实现肿瘤生物标志物的发现、验证及临床诊疗转化。
应用研究:开源硬件与创意智造(基于开源硬件Arduino、Raspberry Pi等,进行医学即时检验云端智能即时检测设备),开源软件与教育医疗(医学知识传播与移动教育;医学检验大数据及人工智能;WebVR教育)

教育工作经历

  • 1997.9-2001.7,四川农业大学农学院生物技术专业,理学学士;
  • 2001.9-2006.7,四川农业大学农学院生物化学与分子生物学专业,理学博士;
  • 2007.4~,重庆医科大学检验医学院,承担分子诊断学、基因工程、蛋白质工程、生物信息学等理论与实验教学工作。
  • 2009.9-2010.2 万县三峡医学高等专科学校 检验系专业及实验室建设工作(重庆市‘万人科技人才支农支教支医计划)。
  • 2010.10-2011.10,上海生物信息技术研究中心 生物信息数据分析研修;
  • 2013.11    深圳市华大基因研究院“微生物专题研修班”。

相关研究

       Linux系统在科学领域具备了其他操作系统无可比拟的优势,基于Xubuntu Linux开发的BioInfoServ更是为生命科学家/生物学家提供了良好的Linux桌面应用环境,实现从生物信息数据的管理、分析、预测到科研咨询、文献管理及论文写作等科研关键性应用。这也必将加快基于Linux桌面系统的人体微生物生物信息研究进程。

 
       随着基因测序、靶向治疗和分子诊断技术的快速发展,肿瘤治疗已向精准诊断和个体化治疗方向快速迈进。合适剂量的合适药物施与合适患已成为肿瘤临床精准诊疗的基本特点。肿瘤标志物因其应用简便、安全可靠、机体无创、兼具较高敏感性和特异性、检测结果准确可靠、假阳性和假阴性极少等特点,业已成为临床医学工作中不可或缺的重要手段。尽管如此,肿瘤标志物无论从数量,还是应用效果来看,都与临床应用需求有较大差距。究其原因,肿瘤标志物的发现方式、鉴定手段亟待大幅度进行效率提高。

       大量研究实践表明,充分利用组学数据进行差异基因表达、节点基因、分子网络、代谢通路等分析,同时结合已有研究文献的语义知识挖掘和临床表型数据的关联分析(即多组学数据、文献数据和临床数据的整合、综合与系统分析),是提高肿瘤标志物发现、鉴定的有效途径和方式。

       人类疾病与健康问题不仅仅与自身遗传基因相关,还与人类自身体内/体外数量庞大的微生物菌群相关。据初步估 计,人体微生物基因组(也称为微生物环境基因组、宏基因组或元基因组,因为,英文为Metagenome或Microbial Environmental Genome)基因数目总和是人类基因组基因数目总和的上百倍,它们的变化在人类疾病发生发展过程中扮演极其重要的作用。最新研究进展表明,肠道菌群(Gut Microbiota)的异常很可能是肥胖、高血压、糖尿病、冠心病和中风等代谢性疾病的直接诱因。因此,研究人类肠道微生物(包括病源微生物和有益微生物),将有助于人类的健康评估与监测、新药研发和个体化用药,以及慢性病的早期诊断与免疫治疗等。为此,基于肠道微生物组的生物信息研究具有重要的科学价值和意义。

 

        深入生物医学数据(组学大数据及临床检验大数据)与知识语义,进行生物医学Knowledge Graph(知识图谱)整合研究。同时,利用Drupal强大的弹性开发能力,探寻生物医学语义在医学基础应用研究(如生物标志物辅助鉴定、临床诊疗预估评估等)上的应用开发。

 

       人类基因组计划的成功实施使高通量测序数据和生物芯片数据成为生物组学大数据最显著特征。不过,由于技术平台和原理的差异,这些生物组学大数据往往呈现出异源异构特性。如何有效管理、挖掘和可视化呈现成为其中亟需攻克的难关。Drupal,一个多年荣获全球最佳CMS大奖的内容管理框架,以其最富弹性的开发设计和应用整合能力,成为生物学家进行组学大数据整合、检验数据融合、临床信息关联、在线数据服务(特别是关系数据、图数据、NoSQL数据的管理与可视化))的最佳开发平台。

项目与论文

 
2018-2021年 重庆市科委自然科学基金(重点):共享大数据人工智能诊断平台构建与多领域应用,NO. cstc2018jscx-mszdX0022 (排名第6)
2018-2021年 重庆市科委自然科学基金:一种核酸前处理集成技术的研发与应用,NO. cstc2018jscx-msybX0010 (主研)
2016-2019年 国家自然科学基金:基于UDG介导PCR、磁性纳米富集和链置换反应的SNPs准确快速检测方法,NO.81672112(主研)
2015-2018年 国家自然科学基金: 一种新型肺炎链球菌矿化纳米蛋白疫苗——疫苗的构建、热稳定性及其免疫保护效应研究,NO.81571622(排名第三)
2012-2015年 重庆市科委自然科学基金:中性粒细胞胞外陷阱(NETs)抗肺炎链球菌性中耳炎的机制研究,NO.cstc2012jjA10014(主研)
2015-2017年 重庆医科大学:基于HTML5富媒体交互技术的网络课程内容建设技术平台研究,NO.JY150203(项目主持人)
2012~2015年,重庆市科委面上项目:基于基因组学和生物信息学的多血清型肺炎链球菌毒力因子变异及毒力组研究, NO:cstc2012jjA0016(项目主持人)
2007~2009年,重庆医科大学: 生物信息平台快速部署系统BioInfoServOS的构建与开发”,NO: XBYB2007103. (项目主持人,http://bioinfoserv.liumwei.org
2011~2014年,重庆市科委面上项目: 针对TCS系统中YycG蛋白的抗菌中药先导化合物的高通量筛选,NO: cstc2011jjA10063(项目参与者,排名第三)
2009-2010年 重庆医科大学:尿液分析仪三维虚拟仿真系统的研究与开发(项目参与者,排名第二)
Wu Y, Song T, Liu M, et al. PPARG Negatively Modulates Six2 in Tumor Formation of Clear Cell Renal Cell Carcinoma[J]. DNA and cell biology, 2019.(*共同第一作者)
 Nie X, Wei J, Hao Y, et al. Consistent Biomarkers and Related Pathogenesis Underlying Asthma Revealed by Systems Biology Approach[J]. International journal of molecular sciences, 2019, 20(16): 4037(第六).
Jie Dai*, Mingwei Liu*, Li Zhang et al., Involvement of catalase in the protective benefits of metformin in mice with oxidative liver injury. (2014). Chemico-Biological Interactions, 216:34–42.(*共同第一作者)
Shuangcheng Li*, Mingwei Liu*, Ping Li et al., Fine mapping of a new dominant minute-grain gene, Mi3, in rice. (2012).Molecular Breeding, .(973项目、国家基础研究项目: 2011CB100101) (*共同第一作者)
Han Sun., Chen Chen., Meng Shi, Dandan Wang, Mingwei Liu, Daixi Li, Pengyuan Yang, Yixue Li., Lu Xie. Integration of mass spectrometry and RNA-Seq data to confirm human ab initio predicted genes and lncRNAs. Proteomics. (2014). Vol. 14 (23-24):  2760-2768.
LIU Ming-wei, LIU Yong, WANG Shi-quan, DENG Qi-ming, LI Ping. Genetic analysis and mapping for the dominant short grain Mi3(t) in rice. (2005). Rice Science, 12(4): 243­248. (国家自然科学基金NSFC: 2003AA212030)